讨论药物通用名（generic name）的命名，就必须提到世界卫生组织维护的一个项目：国际非专利药名系统（International Nonproprietary Names, INN）。

该项目 1950 年发起，1953 年开始致力为每一种药物成分提供全球（至少成员国）唯一的名称，便于统一识别、公共使用。

这套系统的核心是「词根（stem）」，可以是前缀（譬如 cef-，cefradine，头孢拉定），可以是后缀（譬如 -vastatin，atorvastatin，阿托伐他汀），也可以放在药名当中（譬如 cort，hydrocortisone，氢化可的松）。

引入词根的目的，是希望命名一组药理学性质相关的药物时，能够恰当地反映出它们之间的联系。

因此命名新类型的第一个药物时，也事先考虑了此后相关药物命名的诉求。

我们来看一下题主提到的几种药物：amikacin (-kacin)；ciprofloxacin (-oxacin)；penicillin (-cillin)；oritavancin, dalbavancin (-vancin)；daptomycin, streptomycin, vancomycin (-mycin)；主要涉及 5 个词根，各自代表的含义如下：-kacin, antibiotics, kanamycin and bekanamycin derivatives (obtained from Streptomyces kanamyceticus)抗生素，卡那霉素、卡那霉素 B 衍生物（产自卡那链霉菌）- oxacin, antibacterials, nalidixic and derivatives抗细菌药物，萘啶酸及衍生物- cillin, antibiotics, 6-aminopenicillanic acid derivatives抗生素，6- 氨基青霉烷酸衍生物- vancin, vancomycin related compounds万古霉素相关化合物- mycin, antibiotics, produced by Streptomyces strains抗生素，产自链霉菌属所有词根都属于抗生素类药物，而且谁与谁是一家子，一目了然。

而这些词根的来历，确实如 Shuang Song 所言，一部分源于拉丁语：比如 -cillin 来自 -cillinum，-mycin 来自 -mycinum。

（别问我拉丁语的意思，我不懂……）也许你会问，题主想知道中文译名的来历，说那么多英文名似乎答非所问。

其实，道理很简单——因为汉语译名，同样有类似的专门机构遵照特定原则翻译。

这个机构便是国家药典委员会。

目前，我国化学药品和生物制品的命名，已经基本采用国际通行的 INN 名称及命名原则，并制定了《中国药品通用名称命名原则》，提出「中文通用名尽量与英文名相对应，可采取音译、意译或音、意合译，一般以音译为主」、「音译要注意顺口、易读，用字通俗文雅，字音间不得混淆，重音要译出」等要求。

同时为了确保 INN 词根能够体现在译名之中，也尽可能保证词根翻译（无论音译、意译）的一致性。

所以，我们才能够看到这些译名：阿米卡星，阿贝卡星（arbekacin），布替卡星（butikacin）环丙沙星，左氧氟沙星（levofloxacin），莫西沙星（moxifloxacin）奥利万星，达巴万星达托霉素，链霉素，万古霉素至于「青霉素」，之所以不像阿莫西林（amoxicillin）、氨苄西林（ampicillin）那样命名，大概是根据《命名原则》中的「化学结构已确定的天然药物提取物，其外文名系根据其属种来源命名者，中文名可结合其属种名称命名」（此处存疑，参见 2016 年 3 月 23 日更新内容）规定，选用了这个译名。

总而言之，化学药品、生物制品的中文通用名，由我国的国家药典委员会组织专家，按照《中国药品通用名称命名原则》统一译自国际非专利药名。

而国际非专利药名采用的「词根」系统，就是不同中文药物名存在一定规律的原因。

2016 年 3 月 23 日更新：关于「青霉素」的命名问题，我又稍加考据。

《扬子晚报》曾刊发文章《中国青霉素之父樊庆笙：炮火中带菌种回国》，文中提到：史料记载，盘尼西林研制成功并大规模生产之后，樊庆笙考虑应该定个中文名字，便于中国广大百姓能够接受，于是，他取名青霉素。

为何会取这个名字呢？樊庆笙在晚年曾向外孙女杨帆说起过起名依据：一是形态上，这种霉株泛青黄色，所以取其「青」；二是，英文中词尾「-in」生物学上常翻译为「素」，如「vitamin」翻译成维生素。

两者合一，定名为「青霉素」。

然而另有网友指出：实际上，在 1944 年樊庆笙先生回国之前，已经有好几位作者在国内的杂志上发表了好几篇题名含有「盘尼西林」、「青霉素」及「青霉菌素」的文章，这些杂志有《科学画报 》、《科学世界》、《妇女月刊》、《现代医学》、《中华健康杂志》等。

1948 年吕耀宗、陈新谦在《科学大众》发表文章《国产盘尼西林：北平天坛中央防疫处盘尼西林部介绍》，当时「盘尼西林」可能仍是主流名称；至 1949 年，汤飞凡先生在《科学世界》发表文章《吾国自制青霉素的回顾与前瞻》，文中同时提及「青霉素」、「盘尼西林」两个名称，说明当时国内学界已经倾向于「青霉素」一名。

1956 年《科学通报》发表《北京抗生素研究工作委员会的工作》一文，出现了「青霉素」、「链霉素」、「地霉素」的名称，「青霉素」应该已成标准名称。

解放前、解放初期的文献，绝大多数在网上难觅清晰扫描件或文本，因此我只能暂时搁下考据工作。

不过可以肯定的是，药品中文译名在过去的几十年间，一直在努力向国际化、标准化靠拢，许多原来不那么符合规范的名称逐渐被取代（「阿米卡星」原来也叫「丁胺卡那霉素」）。

无论是「已习用的通俗名」，抑或「属种来源命名」，「青霉素」都算得上无可指摘。

最后，望有清楚来龙去脉者不吝赐教！2016 年 3 月 25 日更新：感谢 Liu 指出文中「链霉菌」的错误。

2018 年 1 月 18 日更新：单抗类药物的命名规则同样符合 WHO 的 INN 规则，简述可以参见 维基百科，源文件可以参见《General policies for monoclonal antibodies》。